Для создания иерархического меню, создайте папки, затем вкладывайте в папки статьи или разделы.
Галочка означает, что пункт будет показан на сайте.
Чтобы узнать, на какой компонент системы управления ссылается пункт меню, наведите указатель мышки и немного подождите — всё расскажет всплывающая подсказка.
Переименование и галочки опубликованности работают на Ajax. Что такое Ajax — статья на Википедии.